2012年4月24日，教育部正式同意建立南方科技大学，这标志着南方科技大学即将从筹备阶段转为设立阶段。从筹备到正式设立，南方科技大学经历了长达三年的时间。

　　正式批准设立的南方科技大学与当初设想的南方科技大学相差十万八千里。当初设想的南方科技大学是由深圳市政府投资兴建的自主办学机构，而如今批准设立的南方科技大学则是由广东省人民政府负责建设的高等教育机构。当初南方科技大学希望自主招生，打破目前我国现有的招生体制，而批准兴建的南方科技大学则被重新纳入到我国高考招生体系框架之内，通过一年一度的高考录取学生。当初南方科技大学设想的治理结构是理事会领导下的校长负责制，而如今批准设立的南方科技大学则实行党委领导下的校长负责制。可以这样说，南方科技大学已经被教育部全面接管，并且成为广东省设立的一所普通高等院校。

　　自主招生是高等教育机构自主办学的基础和前提，也是高校自治的题中应有之义。自主招生制度之所以得不到教育主管部门的认可，就是因为我国高等教育机构缺乏自治的能力。换句话说，正因为我国高等教育机构缺乏自主招生、自主培养、自主管理、自主发展的能力，所以，教育行政主管部门才保留招生的管理权。这是一个非常有意思的自我循环逻辑。假如不允许高等教育机构通过自主招生证明自己具有自主招生、自主培养、自主管理、自主发展的能力，那么，我国的高等教育机构将永远生活在教育行政主管部门羽翼之下，很难获得自主发展的能力。

　　所以，教育部批准设立南方科技大学，不是历史的进步，而是历史的倒退。它实际上是把深圳市设立的南方科技大学重新纳入到现有的教育体制之下，从而使南方科技大学筹备阶段的所有改革无疾而终。从目前的情况来看，南方科技大学能否自主招生还是一个未知数。南方科技大学校长在接受记者访问时所表现出来的谨慎态度，从一个侧面说明，这项改革并没有取得实质性成效。关于是否按照原来的计划自主招生的问题，这位大学校长期待“上级部门批准”，这说明南方科技大学已经变成了地方政府设立的普通高等院校。

　　南方科技大学的历史宿命充分说明，我国高等教育体制改革必须法律先行。如果不尽快修改我国的高等教育法和学位条例，那么，即使充满热情和理想，改革也未必能够成功。此次教育部批准南方科技大学正式建立，实际上是各方妥协的结果。这个结果对于南方科技大学的设立者来说是大幸，但是，对于中国的高等教育来说则是大不幸。中国还会有充满理想的南方科技大学吗?让我们拭目以待。