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经过了一段时间的探索，改革找到了抓手，那就是以基本药物制度建设为切入口，撬动基层医疗卫生机构综合改革，并建立起新的运行机制。孙志刚说：“这是一项系统性的改革，牵一发而动全身。做好这项改革，必须推进‘财政投入、药品招标采购、人事收入分配、创新内部管理、严格外部监管、完善医保支付方式、加强医德医风’等改革。同时，在推进新旧机制转换过程中，要把握节奏，既要积极稳妥，又要加快推进，使各项改革尽快到位，避免‘夹生饭’，留下‘后遗症’。”
找到了突破口，改革迅速推进。2011年7月底，基本药物零差率销售在政府办的基层医疗卫生机构全面覆盖，基本药物价格比改革前平均下降30%左右;2011年底，基层医疗卫生机构综合改革任务基本完成，建立起了管理、人事、分配、药品采购、补偿等五大运行新机制。与此同时，2011年底，全民基本医保制度体系初步建立，覆盖13亿人，全国95%的城乡居民纳入医保网;从重点人群开始，免费的均等化基本公共卫生服务逐步覆盖全体居民。
基层医疗卫生机构以政府投入和医保支付等为主的多渠道补偿机制已经形成。10个省的调查数据显示，改革后财政和医保对基层医疗卫生机构收入的补偿比例平均达到72%，比改革前提高了22个百分点。
改革方法——
探索世界难题“中国解法”
回过头来看三年改革，孙志刚认为制度创新发挥了重要作用，不断破解改革中遇到的各种难题。“我国最大的国情是人口众多，发展很不平衡。当前，我国已进入中等收入国家行列，人民群众越来越重视医疗和健康问题，医疗卫生总供给与总需求的矛盾长期存在。世界上没有成功模式可以复制，我们也不能照搬任何一个国家的做法，只能在实践中逐步探索出适合中国国情的改革路子。”孙志刚说。
改革区分基本与非基本，强调政府在建立基本医疗卫生制度中的责任和提供公共卫生、基本医疗服务中的主导地位，同时注重发挥市场机制的作用，统筹利用全社会医疗卫生资源，满足群众多层次多样化的需求。
最近，英国著名医学杂志《柳叶刀》指出，中国医改正沿着正确的方向前进，医疗卫生服务的可及性和公平性发生了可喜的变化。文章认为改革的优先领域和策略的提出基于中国国情，政府在基本医疗卫生制度的责任得到强化，全民医保使城乡居民对卫生服务的利用增加，农村、贫困地区以及弱势群体得到优先保障。
随着改革步入深水区，难点问题集中显现，体制性矛盾集中暴露，各方面利益交织叠加，面临的困难更多、挑战更大。如一些政策没有完全落实到位，全民医保制度管理体制仍待理顺，基层运行新机制还不稳固，公立医院“以药补医”及其引发的矛盾还很突出等等。
